Komisioni Europian ka evidentuar një sërë mangësish në sistemin e sigurisë ushqimore në Shqipëri, duke ngritur shqetësime për funksionimin e institucioneve përgjegjëse, kontrollet ndaj produkteve ushqimore dhe monitorimin e mbetjeve të pesticideve. Në raportin e vitit 2026 për Shqipërinë, Brukseli thekson se legjislacioni shqiptar është vetëm pjesërisht i përafruar me standardet e BE-së dhe kërkon reforma institucionale, përfshirë bashkimin e Autoritetit Kombëtar të Ushqimit me Autoritetin Kombëtar të Veterinarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve. Shqetësime janë ngritur edhe për kapacitetet laboratorike, mungesën e metodave të validuara të analizave dhe transparencën e inspektimeve.
Një tjetër problematikë lidhet me kontrollin e pesticideve në produktet ushqimore, cilësinë e qumështit, gjurmueshmërinë e kafshëve dhe mbikëqyrjen e sëmundjeve veterinare. Komisioni Europian kërkon përmirësimin e kontrolleve zyrtare, investime në laboratorë, akreditimin e tyre dhe forcimin e kontrolleve kufitare. Sipas raportit, Shqipëria duhet gjithashtu të hartojë një program kombëtar për përmirësimin e cilësisë së qumështit dhe të përafrojë më tej rregullat për ushqimin e kafshëve me standardet europiane.
Vëmendje e veçantë i kushtohet edhe rrezikut të korrupsionit në proceset e inspektimit dhe certifikimit veterinar e fitosanitar. Brukseli kërkon masa më të forta për parandalimin e praktikave korruptive, rritjen e llogaridhënies dhe garantimin e integritetit të institucioneve përgjegjëse. Sipas Komisionit Europian, forcimi i transparencës dhe qeverisjes etike është thelbësor për përmirësimin e sigurisë ushqimore dhe përmbushjen e detyrimeve që rrjedhin nga procesi i integrimit të Shqipërisë në Bashkimin Europian.
